Am 21. Februar 1944 fiel die Stöckachpflege, der Kindergarten, einem Luftangriff zum Opfer. Von nun an fand die Kinderbetreuung im Konfirmandensaal statt. Ein halbes Jahr später, am 12. September 1944, wurde der an die Kirche angebaute Gemeinschaftssaal von einer Fliegerbombe getroffen und ging in Flammen auf.
Den verheerenden Bombenhagel am Abend des 19. Oktober 1944 überstand auch die bis dahin unbeschadete Heilandskirche nicht mehr unversehrt: Kirche, Pfarrhaus und sämtliche Gebäude der vom Kirchplatz sternförmig ausgehenden Straßenzüge brannten lichterloh. Dessen ungeachtet rettete der Mesner in einer mutigen Aktion die aus dem Einweihungsjahr 1913 stammende Altarbibel mit der Widmung des Königspaares. Lediglich der Kirchturm hatte dem Angriff getrotzt und stand wie ein zum Himmel weisender Finger inmitten der Trümmer. Auch der Konfirmandensaal war relativ verschont geblieben.

Nach dem Krieg zählte die Gemeinde, die Ende der 30er-Jahre fast 6000 Gemeindeglieder hatte, nur noch einige hundert. Mit Eugen Vollmer kam 1946 wieder ein eigener Gemeindepfarrer an die Heilandskirche. Ihm zur Seite stand nach wie vor Gemeindehelferin Solleder, die im Mai 1952 von Hanna Rieß abgelöst wurde. Bis November 1946 konnte der Konfirmandensaal soweit repariert werden, dass er forthin der Gemeinde für die Gottesdienste zur Verfügung stand. Auch die Aufbauarbeiten am zerstörten Pfarrhaus gingen mit dem Richtfest am 3. März 1949 in die letzte Runde. Es konnte im Dezember des selben Jahres bezogen werden.

Im Oktober 1949 entschloss sich die Gesamtkirchengemeinde Stuttgart, in den Ruinen der Kirche eine kleine „Notkirche“ zu errichten. Ende 1949 begannen die Bauarbeiten, am 2. Juni 1950 war Richtfest und am 3. Dezember 1950 wurden die Notkirche und deren neue Orgel eingeweiht.

Im Prinzip schienen die Folgen des Krieges spätestens damit überwunden, dass die Turmuhr der Heilandskirche im Herbst 1951 wieder in Stand gesetzt worden war. Nach sieben Jahren des „Schweigens“ schlug am 5. September 1951 erstmalig wieder die letzte aus dem Krieg verbliebene Glocke – genau um 18.00 Uhr. Schließlich wurde am 17. Mai 1953 eine zweite, und am
2. Juni 1957 die dritte Glocke geweiht.

Angesichts der vielfältigen Gemeindearbeit der mittlerweile wieder auf ca. 3000 Glieder angewachsenen Gemeinde, beschloss schließlich im Juli 1960 der Verwaltungsausschuss der Gesamtkirchengemeinde Stuttgart, einen Architektenwettbewerb zum Wiederaufbau der Heilandskirche auszuloben.

Heilandskirche in der Nachkriegszeit
Zerstörte Heilandskirche
Zerstörte Heilandskirche
Heilandskirche 1950, Notkirche innen
Heilandskirche 1957 Glockenweihe